La construcción de la Vía Férrea Ciudad de México–Querétaro ha despertado inquietudes en San Juan del Río ante los potenciales daños ambientales derivados del proyecto. De acuerdo con la Manifestación de Impacto Ambiental en su modalidad regional (MIAR), el plan podría generar un mayor riesgo de inundaciones, así como una disminución en la disponibilidad de agua en distintas zonas del municipio.
El informe técnico contempla un total de 28 posibles afectaciones al medio ambiente, de las cuales 21 fueron clasificadas como negativas. Del total de impactos negativos identificados, más del 80% fueron calificados como severos, mientras que uno fue considerado crítico por implicar la fragmentación y pérdida de hábitats y microhábitats, lo que representa una amenaza directa a la biodiversidad de la región.
En el mismo dictamen se documentaron 39 eventos de subsidencia, es decir, hundimientos del terreno, particularmente en áreas cercanas a Querétaro y la presa La Estancia. Estas fallas geológicas podrían comprometer la estabilidad de la infraestructura y de los ecosistemas aledaños. Asimismo, el análisis advierte sobre efectos acumulativos en el sistema ambiental regional relacionados con la contaminación, los cambios de uso de suelo y la alteración del paisaje.
Entre los riesgos identificados también se incluyen la pérdida de vegetación, el desplazamiento de fauna, la erosión del suelo, la disminución en la calidad del agua superficial y subterránea, así como modificaciones en los patrones de almacenamiento hídrico.
Como parte de las medidas para minimizar estos efectos, se contempla un Programa de Vigilancia Ambiental compuesto por siete líneas de acción que abarcan desde la reubicación de flora y fauna silvestre, el manejo integral de residuos, hasta la compensación ambiental en áreas naturales protegidas como el Parque Nacional Tula.
Aunque el dictamen reconoce beneficios económicos y sociales del proyecto, como el desarrollo de comunidades, el fortalecimiento del comercio regional y la reducción de accidentes carreteros, también deja en claro que muchos de los efectos negativos persistirán incluso tras la aplicación de estrategias de mitigación, en especial la pérdida de hábitats, la reducción de especies y el deterioro del paisaje.
El tren cubrirá un recorrido de 230 kilómetros entre Ciudad de México y Querétaro, con un tiempo estimado de viaje de una hora con 50 minutos, y utilizará vehículos híbridos sobre una infraestructura de doble vía.
