El gobernador de Querétaro, Mauricio Kuri González, anunció que el Gobierno Estatal y los municipios de Querétaro, El Marqués y San Juan del Río serán los encargados de decidir los predios para las estaciones del Tren México-Querétaro. Este acuerdo se alcanzó en coordinación con la Secretaría de Infraestructura, Comunicaciones y Transportes (SICT) del Gobierno Federal.
Cada municipio propondrá las ubicaciones que considere viables para las estaciones, las cuales serán evaluadas por el Gobierno Federal para su aprobación. Además, se establecerá una mesa de trabajo conjunta entre los alcaldes y el estado para coordinar los esfuerzos y facilitar el desarrollo de este proyecto.