El gobierno federal de México ha declarado a Peña Colorada como área natural protegida, según un decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación. La medida ha sido celebrada por organizaciones civiles y ambientalistas que habían estado solicitando la protección de esta área natural durante varios años. Peña Colorada se encuentra ubicada entre los municipios de Querétaro y El Marqués, y es considerada una zona que provee importantes servicios ambientales debido a su inmersión en una mancha urbana de rápido crecimiento. La zona cuenta con alrededor de 250 especies vegetales y más de 170 especies de fauna, así como cuatro zonas arqueológicas.
El decreto establece que la preservación de Peña Colorada es fundamental debido a que la zona capta alrededor del 11% del dióxido de carbono en el estado de Querétaro, y es un área donde confluyen tres de los cinco acuíferos de la región, lo que garantiza el abasto de agua a más de un millón de personas, es decir, alrededor del 50% de la población. Entre las especies de fauna que habitan en Peña Colorada, se encuentran el tlalcoyote y la culebra listonada, que están consideradas como especies amenazadas, y la rana de río grande, la rana leopardo y la lagartija escamosa de mezquite, que están sujetas a protección especial. Con la inclusión de Peña Colorada, México cuenta ahora con 187 áreas naturales protegidas en todo el país.